Los logros del programa de maíces criollos deben destacarse ya que han permitido relaciones de colaboración con el CIMMyT, SINAREFI-SNICS y la Fundación Produce Oaxaca, que han redundado en financiamiento para la investigación y la transferencia tecnológica; lo anterior como producto de una experiencia académica de muchos años en estrecha relación con la problemática y necesidades de los campesinos y sus organizaciones, perfil que caracteriza las diferentes líneas de investigación y servicio del CRUS.

Las de mayor permanencia son:

1) Orquídeas y plantas ornamentales

2) Maíz, chile y recursos fitogenéticos de la milpa

3) Vinculación en la Sierra Sur de Oaxaca y otras regiones y

4) Centro de Aprendizaje en Tecnologías Apropiadas (CATA).