Las líneas de investigación de mayor continuidad y trascendencia en el CRUOc son las siguientes:

Colecta y mejoramiento genético de maíces criollos. En esta línea se han logrado variedades criollas mejoradas, variedades sintéticas y variedades resistentes a sequía. Esta línea de investigación se sustenta en el Centro Nacional de Rescate y Mejoramiento de Maíces Criollos (CENREMAC).

Estudio de la tecnología aplicada para la producción de maíz y de la rentabilidad en parcelas representativas de las regiones agrícolas de Jalisco. Los conocimientos generados son transferidos a productores, organizaciones e instituciones financiadoras por diversos mecanismos.

Colecta, estudio, conservación y mejoramiento genético de tomate de cáscara (Physalis spp.). Se participa coordinando una red nacional de investigadores en recursos genéticos; se genera conocimiento sobre la caracterización de los materiales colectados, se ponen a disposición de los bancos de germoplasma y de los genetistas. Producto de ello se han generado variedades mejoradas de tomate de cáscara para los productores.

Diseño y Mejora Continua de un Programa de Cómputo para Implementar un Programa de Asesoría y Consultoría en Agro-empresas pecuarias (Programa Agropec Star). Los productos de esta línea son utilizados por asesores técnicos, consultores, empresarios pecuarios, y últimamente por funcionarios de FIRA, para sus programas institucionales. Se imparten los cursos de Administración Gerencial Computarizada de Agro-empresas y de Servicios Integrales de Asesoría, Consultoría y Administración de Empresas.