El Instituto se encuentra adscrito al Departamento de Fitotecnia y agrupa estructuralmente al Posgrado en Horticultura (Maestría y Doctorado); los programas universitarios de investigación en Olericultura (hortalizas), Fruticultura y Horticultura Ornamental; así como a la Revista Chapingo: Serie Horticultura.

Mediante actividades interdisciplinarias de formación de profesionales a nivel posgrado, investigación, servicio y difusión, impulsa el desarrollo de los sistemas de producción de los cultivos hortícolas.