Ser reconocido como Programa líder nacional por la capacidad de propuesta de alternativas viables de solución a la problemática (técnica, económica, social y cultural) que se deriva de la relación agricultura-industria y por participar en el diseño de políticas públicas y de estrategia organizacional orientadas a impulsar la integración de cadenas y el desarrollo de los sistemas agroindustriales.

• Contribuir a la generación del conocimiento en aspectos que afectan la eficiencia y sostenibilidad de los sistemas de producción agropecuarios, forestales y recursos naturales, así como en los aspectos socioeconómicos y culturales del medio rural.
• Formular o proponer alternativas tecnológicas que incrementen la eficiencia y sostenibilidad de los sistemas de producción.
• Vincular los procesos de generación y transmisión del conocimiento.
• Difundir los resultados entre la comunidad científica y el sector productivo.
• Crear espacios de discusión y colaboración interinstitucional sobre la problemática del sector.
• Contribuir a la formación de recursos humanos con capacidades para diseñar políticas públicas que generen riqueza en el medio rural.