A principios de la década de los 80, profesores-investigadores de los departamentos de Ingeniería Agroindustrial, Sociología Rural, Preparatoria Agrícola y la Subdirección de Centros Regionales se agruparon para desarrollar diversas investigaciones sobre la problemática de la agroindustria y la agricultura regional, bajo un enfoque multidisciplinario, integral y colectivo. El interés de las organizaciones de productores y las instituciones gubernamentales en los resultados alcanzados representó la evidencia para continuar con el trabajo de investigación. Así, el 24 agosto de 1990, mediante acuerdo de colaboración entre la Dirección General Académica de la UACh, los Departamentos de Sociología Rural y Preparatoria Agrícola y los Programas de Investigación Interdepartamental Integración Agricultura Industria, Interinstitucional UACh-Humboldt y Diagnóstico Externo, se creó el Centro de Investigaciones Económicas, Sociales y Tecnológicas de la Agroindustria y la Agricultura Mundial (CIESTAAM). Posteriormente, de un proceso de desarrollo y evolución del Centro surge, en 1996, el Programa del Doctorado en Problemas Económico Agroindustriales y, en 2010, la Maestría en dos modalidades Maestría en Ciencias en Estrategia Agroempresarial y Maestría Profesional en Estrategia Agroempresarial.
En el proceso de formación-consolidación del CIESTAAM estuvieron activos otros programas de investigación, tales como: Programa de Investigación en Historia (PROIH) y el Programa de Investigaciones del Uso Integral del Agua (PROIUSIA).
Actualmente, el Centro está conformado por el Programa Integración Agricultura Industria (PIAI), el Programa de Investigación y Servicio en Nopal y el Programa de Investigaciones Históricas en la Agricultura, la Agronomía y el Agrarismo (PIHAAA) y el posgrado constituido por el Doctorado en Problemas Económico Agroindustriales y la Maestría en Estrategia Agroempresarial. Los tres programas de investigación desarrollan investigación continua, interdisciplinaria y de largo plazo, buscando la vinculación con instituciones de educación superior, organizaciones de productores y dependencias gubernamentales y no gubernamentales, a nivel nacional e internacional. El posgrado concibe la idea de fortalecer y ampliar la capacidad de investigación mediante la formación de investigadores a nivel de doctorado.
En su desarrollo y consolidación, el CIESTAAM ha llegado a ser una de las instancias más reconocidas de la UACh en el exterior.
El Centro es una Unidad Básica de Programación y Presupuesto (UBPP) de la UACh y recibe financiamiento del subsidio para gastos de operación, que equivale aproximadamente el 20% de los recursos monetarios del Centro. El programa de Doctorado en Problemas Económico Agroindustriales dispone de presupuesto propio, asignado por la UACh; además del CONACYT y otras instancias ingresan recursos para el pago de becas de los doctorandos. Los programas de investigación reciben financiamiento a través de la Dirección General de Investigación y Posgrado. El CIESTAAM cuenta con un Área de Publicaciones cuya función es editar y distribuir los trabajos de investigación del Centro; asimismo publica investigaciones en coedición con editoriales de prestigio. Otra área importante es el Centro Documental que atiende a los miembros del CIESTAAM, a la comunidad de la UACh y al público en general.
